「別名保存」を実行して変更できます。 なお、ファイル名は変更しなくて上書き保存で結構です。

カレントファイルのファイルタブをタップしたメニューの「別名保存...」、または「ファイルメニュー」の「Save As」の実行で「別名保存」が表示されます。
なお、新規ファイルの場合は「保存」でこの「別名保存」になります。

この「別名保存」の「文字コード/改行の変更」をタップして表示された「文字コード/改行の変更」画面で、変更したい文字コードまたは改行コードをリストから選択して変更します。
文字コードがUnicodeの場合は「BOMを付ける」でON/OFFを指定してください。

指定後に「閉じる」をタップして、その後右上の「保存」を実行してください。

※文字コード/改行コードの新規ファイルの場合のデフォルトは以下です。
　このデフォルトは変更できません。
　文字コード：Uncicode (UTF-8)、BOMを付けるはOFF
　改行コード：そのまま
※BOMとは「Byte Order Mark（バイトオーダーマーク）」のことで。Unicodeの文字コードのテキストファイルの冒頭に記載される短い符号で、そのファイルの文字コードやエンディアンを指定するためのものです。
文字コード判定を誤ることがあるなど必要性に応じて付けてください。