「同期項目の追加」から相手のコンピュータの同期したいフォルダ名に、新規に作成したいフォルダ名まで含めた、フルパス名を指定することで、同期時に自動的にフォルダが作成されます。
詳しくはユーザーズマニュアル「４−２.３任意フォルダを指定する」をご参照ください。