「次回同期するアイテム」にアイテムを追加後、初めて同期する場合、同期の設定を「双方向」「削除する」に設定していても、削除したアイテムは削除されず、相手にコピーします。
これは、ACCUSYNCは前回同期した状態から削除されたアイテムのみ、同期時に相手側からも削除する仕様となっているためです。

このため、同期の設定を「双方向」「削除する」の状態で、「このコンピュータ」でファイルを削除しても、初めて同期した際には「相手のコンピュータ」で削除されず「このコンピュータ」にコピーされます。

初めて同期する時、削除するアイテムがある場合はまず「チェック」を行い、「同期方法のカスタマイズ」で個別に削除する設定にしてください。
（２回目の同期からは、前回同期した時点での情報を持っているので、上記の作業は必要ありません。）

また、次のような変更をした場合も、前回同期した情報がリセットされるため、アイテムが削除されず、相手にコピーされる場合がありますのでご注意ください。
　・「同期の方向」を変更した場合
　・「次回同期するアイテム」からアイテムを一旦削除した場合