プライバシー対策の為の目隠しを強化すればするほど、泥棒からすると1度塀を乗り越えて敷地内に入ってしまえば近隣から見えずらくなるため、好都合と言われています。
警察からの指導でも、低めのブロック（1m以下）＋視線が通りやすいデザインのフェンスの組み合わせが良いとされています。また、足音が出にくい犬走りを設置する場合も要注意です。
この事からもわかるように有効な防犯対策とは、泥棒からすると、塀の高さより「見られているかも」と言う事が1番の防犯対策になります。
まとめると、お庭のプライバシーを少し犠牲にしてでも、低めのブロック（1m以下）＋視線が通りやすいデザインのフェンスの組み合わせをする。
他には、道路面の建物と隣地境界線部分にも鍵付きの扉を設けるなど、まずは敷地内に泥棒が入らないようにすることが大事。
外階段を上がりきったベランダ部分にも高さ2m以上の鍵付き門扉を設置する。
更に泥棒にもわかりやすい位置に防犯カメラ、センサー付きライトを設置（アピール）するのがおすすめです。

寝室上部がベランダによる防音対策としては、ベランダの床下地に防音マット を採用する事で振動を1/4程度まで軽減できます。
また雨漏りの件は、今回のベランダの大きさであれば通常のFRP防水でも問題ないと思いますが、 更に安心を得たい場合は、最近流行りの屋上庭園等で採用されている「金属防水」をお勧めします。
コスト的にはプラス50万から100万くらいだと思います。